국가인권위원회는 보건소장 임용 시 보건 관련 전문 인력보다 의사를 우선 임용하는 것은 합리적인 이유 없이 특정 직종을 우대하는 차별행위로 판단, 보건복지부장관에게 관련 근거인 ‘지역보건법 시행령’ 제13조 제1항 개정을 권고했다.
지역보건법 시행령 제13조 1항인 보건소장 관련 법규를 보면 보건소에 보건소장(보건의료원의 경우에는 원장) 1명을 두되, 의사 면허가 있는 사람 중에서 보건소장을 임용한다. 다만, 의사 면허가 있는 사람 중에서 임용하기 어려운 경우에는 ‘지방공무원 임용령’ 별표 1에 따른 보건·식품위생·의료기술·의무·약무·간호·보건 진료 직렬의 공무원을 보건소장으로 임용할 수 있다.
인권위는 진정인들은 ‘지역보건법 시행령’ 제13조 제1항에서 의사 면허가 있는 사람을 우선적으로 보건소장으로 임용하도록 규정하고 있는데, 이는 치과의사, 한의사, 간호사 등 의사면허가 없는 의료인과 보건의료 업무 담당 공무원에 대한 차별이라며 인권위에 진정을 제기했다.
이에 대해 보건복지부는 지역사회에서 보건소는 진료를 포함한 건강증진·질병 예방 등의 업무를 총괄하고, 메르스와 같은 감염병 유행 시 예방·관리 역할이 매우 중요하기 때문에 보건의료 업무 전반에 대한 종합적 이해를 갖춘 전문가로서 의사면허를 가진 사람이 보건소장의 직무를 수행해야 한다고 주장했다. 업무 수행에 높은 수준의 전문성이 필요하면 자격을 제한한다는 것이 불가피하다는 것이다.
인권위 차별시정위원회는 메르스와 같은 감염병 유행 시 일선 보건소가 수행하는 감염병 예방 및 관리 업무의 중요성은 오히려 예방의학 등 관련 분야 전문의나 비 의사로서 보건학을 전공하거나 보건사업 종사 경력이 있는 자를 보건소장에 우선 임용할 수 있는 이유가 될 수 있으며, 의사 면허가 있는 사람이 보건소장 업무를 수행해야만 하는 근거로 보기 어렵다고 지적했다.
보건소의 업무가 국민건강증진·보건교육·구강건강 및 영양개선사업, 전염병의 예방·관리 및 진료, 공중위생 및 식품위생 등 의학뿐만 아니라 보건학 등 다른 분야와 관련된 전문지식도 필요하다는 점, 각 보건소에는 보건소장을 제외한 의사를 1~6명씩 두도록 해 의료업무 수행이 가능하며, 지방의료원장은 비 의사도 임명이 가능한 점 등을 고려할 때 의사면허를 가진 자를 보건소장으로 우선 임용하는 것은 불합리한 차별행위라고 판단했다.
보건소장은 지역 보건을 책임지는 자리인 만큼 의사 면허가 아닌 필요하면 간호사도 직렬 응시자격으로 보건진료직으로 응시 자격이 있다. 또한, 지난 메르스 사태 등 감염병 유행 저지 역할을 하는 기준을 의사면서 소지자로 지정했음에도 인권위가 명시한 치과의사, 한의사가 적합한 대응을 할 수 있는지 정부는 확인이 불가하며, 보건소장으로의 종합적인 이해를 갖춘 전문가 자격 취득에 대한 차별이 아닌 보건소장이라는 직위에 대한 차별을 논하는 이번 인권위의 행태는 적절하지 않다고 보고 있다.
한편, 인권위는 지난 2006년에도 보건소장 자격 기준 차별 진정사건에서 특별히 의사 면허를 가진 자를 보건소장으로 우선 임용하여야 할 필요성이 적다고 판단, 보건소장의 자격을 “의사의 면허를 가진 자 또는 보건 관련 전문지식을 가진 인력 등”으로 개정할 것을 권고했다. 그러나 보건복지부장관이 이를 수용하지 않았다.